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1. 拟穴青蟹miR-34靶基因预测及其生物信息学分析
梁萌萌 张子平 贾锡伟 王艺磊
   2017, 39 (6): 419-428.  
摘要228)      PDF (1982KB)(724)    收藏
MiR-34是一类在进化过程中高度保守的miRNA家族,参与机体的许多重要生命活动。本研究首先比较本实验室构建的拟穴青蟹miRNA数据库中的miR-34(spa-miR-34)和通过miRBase获得的多个物种的miR-34的序列特征,然后应用RNAhybrid和Segal Lab两种在线工具预测spa-miR-34的靶基因,用blast2go软件对这些靶基因进行功能注释和信号通路富集分析。结果表明,spa-miR-34可能的靶基因有66个,这些基因的功能主要包括氧化还原、磷酸化、钙离子跨膜运输、转录等生物学过程;信号通路主要富集于精氨酸和脯氨酸代谢、抗生素生物合成、苯丙素生物合成、糖酵解和糖异生等合成代谢通路中。spa-miR-34预测的靶基因所涉及的基因家族和通路亦包括CHH家族、ERK通路、细胞周期和UPP通路、SUMO通路。此外,spa-miR-34预测的靶基因还有蜕皮激素受体,推测spa-miR-34在生殖、蜕皮及氨基酸等物质代谢方面具有重要作用。本研究为进一步了解spa-miR-34在拟穴青蟹中的作用提供了重要参考资料。
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2. 大黄鱼EST微卫星标记初步筛选
谢芳靖 张子平 邹志华 周鹏 王艺磊
福建水产    2011, 33 (5): 6-14.  
摘要1275)      收藏
通过构建大黄鱼性腺线性化cDNA文库,并经测序后获得3535条EST,对其二碱基至六碱基重复序列进行筛选,共发现微卫星位点150个,占EST序列的4.24%;其中包括二碱基重复序列64条,三碱基重复序列80条,四碱基重复序列5条,五碱基重复序列1条;三碱基重复序列是最丰富的重复单元,占53.3%。在这些微卫星序列中,(TG/GT/AC/CA)n形式在二碱基重复中最为常见,(GAG/AGG/GGA/CCT)n形式在三碱基重复序列中最为常见,分别占微卫星序列总数的26%和14%。选取其中的62条微卫星序列进行引物设计、合成与多态性检测,经过PCR扩增,2.0%的琼脂糖凝胶电泳检测,获得呈多态性微卫星引物8对,多态率为12.9%。本研究为开发大黄鱼EST微卫星分子标记和大黄鱼基因编码区微卫星的功能研究提供有价值的信息。
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